나폴레옹 보나파르트는 뮈라를 여단장으로 임명했으며, 뮈라는 1799년 18브뤼메르 쿠데타 당시 나폴레옹을 적극적으로 도왔다. 이후 나폴레옹의 여동생 카롤린 보나파르트와 결혼하면서 황제와 더욱 가까운 관계를 맺게 되었다.
뮈라는 당대 최고의 기병 지휘관으로 명성이 높았다. 마렝고 전투에서 명예 사브르를 수여받았으며, 1807년 아일라우 전투에서는 감행한 대규모 기병 돌격으로 전세를 뒤집는 결정적 역할을 수행했다.
그는 화려하고 요란한 복장으로도 유명했다. 이러한 개성 넘치는 스타일과 대담한 용맹함은 황제의 깊은 신뢰와 찬사를 얻었고, 나폴레옹은 그를 프랑스 원수로 임명했다. 1808년 조제프 보나파르트가 나폴리 왕위를 내놓고 스페인 국왕으로 떠나자, 뮈라는 나폴리 왕국의 왕위를 계승했다.
그러나 1814년 나폴레옹의 몰락이 임박하자 뮈라는 오스트리아와 밀약을 맺고 나폴레옹과 결별했다. 이후 백일천하 시기에 다시 나폴레옹 편에 섰지만 이미 늦은 뒤였다. 빈 회의에서 나폴리 왕국은 원래의 지배 세력에게 반환되기로 결정되었다.
왕국을 되찾기 위해 이탈리아에 상륙하여 반란을 일으켰던 뮈라는 결국 체포되어 1815년 총살형에 처해 비극적인 최후를 맞이했다.
