남군 요새 방어 :모바일 베이(Mobile Bay) 입구는 남부군에 의해 강력하게 요새화되었으며, 모건 요새(Fort Morgan)와 게인스 요새(Fort Gaines)가 좁은 수로를 지키고 있습니다. 이 요새는 강력한 포병으로 무장했으며 연합 선박에 심각한 피해를 입힐 수 있었습니다.
지뢰밭 :남부군은 만으로 이어지는 수로에 지뢰밭(당시 어뢰라고도 알려짐)을 설치했습니다. 이 지뢰는 통과하려는 연합 선박에 심각한 위협이 되었습니다. 100명 이상의 목숨을 잃고 침몰한 USS Tecumseh를 포함하여 여러 선박이 지뢰로 인해 손상되거나 파괴되었습니다.
얕은 물과 장애물 :모바일 베이의 수심이 얕아서 연합 선박의 조종이 어려웠습니다. 남부군은 또한 수로에 침몰한 배나 말뚝과 같은 장애물을 배치하여 연합 함대의 전진을 더욱 방해했습니다.
남군 아이언클래드 :남부연합 해군은 남부연합 함대에서 가장 강력한 선박 중 하나로 널리 알려진 CSS Tennessee를 포함하여 세 척의 철갑 전함을 건조했습니다. 철갑선은 장갑으로 인해 대포 발사에 저항할 수 있었기 때문에 연합 목조 선박에 심각한 위협이 되었습니다.
강렬한 남부군의 사격 :남부군 요새, 포함, 해안 포대는 만에 진입하려고 시도하는 연합 함대에 엄청난 포격을가했습니다. 연합군 함선은 전진하면서 상당한 피해와 사상자를 견뎌야 했습니다.
통신 문제 :연합 함대는 전투 중 의사소통에 어려움을 겪었고, 이로 인해 효과적으로 이동을 조율하는 데 어려움을 겪었습니다. 이는 부분적으로 전투의 연기와 혼란, 그리고 군함 사이의 거리 때문이었습니다.
남군의 반격 :연합 함대는 모빌 베이 진입에 성공한 후, 연합군 철갑함과 포함의 치열한 반격에 직면했습니다. 특히 CSS Tennessee호는 여러 북군 군함과 장기적이고 치열한 전투를 벌이면서 남부군의 회복력을 보여주었습니다.
이러한 어려움에도 불구하고 Farragut 제독과 연합 함대는 궁극적으로 모바일 베이 전투에서 승리하여 포트 모건과 포트 게인즈를 점령하고 전략적 항구 도시인 앨라배마주 모바일을 효과적으로 장악했습니다.