이러한 공식적인 분리에도 불구하고 Einsatzgruppen과 독일군은 자주 긴밀하게 협력했습니다. Einsatzgruppen은 군수 지원, 운송 및 보안을 위해 군대에 의존했습니다. 많은 경우, 군대는 Einsatzgruppen에 지도, 정보, 전쟁 포로에 대한 접근권을 제공했습니다. 어떤 경우에는 군대 부대가 아인자츠그루펜이 자행한 학살에 직접 참여하기도 했습니다.
그러나 Einsatzgruppen과 독일군 사이에는 긴장과 갈등도 있었습니다. 일부 독일군 장교들은 Einsatzgruppen의 방식에 불만을 품고 그들의 활동에서 거리를 두려고 했습니다. 다른 사람들은 SS가 자원과 보급품 측면에서 특혜를 받았다는 사실에 분개했습니다. 어떤 경우에는 육군 장교들이 아인자츠그루펜의 잔혹행위를 상관에게 보고했지만, 이러한 보고는 종종 답변이 없거나 무시되었습니다.
전반적으로, 아인자츠그루펜과 독일군 사이의 관계는 협력, 경쟁, 긴장이 뒤섞인 특징이 있었습니다. 두 조직은 점령지 정복과 평정이라는 공통의 목표를 달성하기 위해 협력했지만, 방법과 동기에도 상당한 차이가 있었습니다.
