- 해수면 상승 :가장 일반적으로 받아들여지는 이론은 해수면 상승으로 인해 스카라 브레이 사람들이 정착지를 포기하게 되었다는 것입니다. 이 마을은 해안에 위치해 있으며 신석기 시대에 시간이 지남에 따라 해수면이 점차 상승했다는 증거가 있습니다. 해수면이 상승함에 따라 마을은 상승하는 물을 방어하기가 점점 더 어려워졌고 결국 주민들은 떠나야 했습니다.
- 감소하는 자원 :스카라 브레이를 포기한 또 다른 이유는 해당 지역의 자원 고갈일 수 있습니다. 정착지는 목재, 석재 등 자원이 제한되어 있는 상대적으로 고립된 지역에 위치해 있었습니다. 시간이 지남에 따라 이러한 자원의 가용성이 감소하여 주민들이 생활 방식을 유지하기가 어려워질 수 있습니다.
- 기후 변화 :신석기시대의 기후는 비교적 온난하고 건조하였다. 그러나 증거에 따르면 스카라 브레이(Skara Brae)가 버려질 무렵부터 기후가 변하기 시작하여 점점 추워지고 습해졌습니다. 이러한 변화하는 기후 조건으로 인해 주민들이 해당 지역에 적응하고 계속 생활하는 것이 어려워졌을 수 있습니다.