그러나 제임스의 종교 정책은 시간이 지나면서 더욱 제한적이 되었습니다. 그는 점점 더 천주교와 청교도에 대해 편협해졌고, 이러한 집단에 대한 일련의 박해를 시작했습니다. 1605년에 그는 가톨릭이 국회 의사당을 폭파하려는 시도인 화약 음모에 가담한 가이 포크스와 다른 공모자들을 처형하도록 명령했습니다. 그는 또한 영국 교회 예배 참석을 거부하는 가톨릭 신자들에게 무거운 벌금을 부과하는 반항법(Recusancy Laws)을 포함하여 가톨릭 신자들의 권리를 제한하는 일련의 법률을 통과시켰습니다.
1610년에 제임스는 영국 교회와 청교도의 대표자들이 모인 햄튼 코트 회의를 소집했습니다. 회의는 합의에 이르지 못했고 청교도들은 영국 교회로부터 더욱 멀어졌습니다.
제임스의 종교 정책은 궁극적으로 그 목표를 달성하지 못했습니다. 그는 종교적 관용이라는 온건한 정책을 세울 수 없었고, 가톨릭교인과 청교도에 대한 그의 박해는 영국의 종교적 분열을 심화시킬 뿐이었습니다.