종교 단체: 일부 종교 단체는 자연 질서에 위배되거나 하느님을 모독한다는 이유로 이종 이식을 반대합니다. 예를 들어, 가톨릭 교회는 이종 이식이 인간 생명에 대한 존중을 상실하게 할 수 있다고 주장하면서 이종 이식에 대해 유보적인 입장을 표명해 왔습니다.
환경단체: 이들 단체는 이종 이식이 환경에 새로운 질병을 도입하거나 생태학적 균형을 깨뜨릴 수 있다고 우려하고 있습니다. 그들은 또한 이종 이식이 자원 낭비이며, 동물의 장기에 의존하지 않고 질병을 치료할 수 있는 다른 방법이 있다고 주장합니다.
공중 보건 단체: 이들 단체는 이종이식으로 인해 질병이 동물에서 인간으로 확산될 수 있다고 우려하고 있습니다. 또 이종이식의 안전성을 담보하기에는 데이터가 충분하지 않고, 임상시험을 진행하기에는 시기상조라는 주장도 있다.
환자 옹호 단체: 일부 환자 옹호 단체에서는 이종 이식이 동물 장기를 이식받는 환자에 대한 차별로 이어질 수 있다는 이유로 반대합니다. 그들은 또한 이종 이식이 비용이 많이 들고 비효율적인 치료 옵션이 될 수 있으며 더 유망한 다른 치료법에서 자원을 전환할 수 있다고 우려합니다.
