남부 주들은 타협이 헌법에 따른 그들의 권리를 침해했으며 노예 제도를 새로운 영토로 확장하는 것을 방해함으로써 차별을 가했다고 주장했습니다. 그들은 또한 이 타협안이 노예제 제도에 연방 정부의 제한을 가했기 때문에 주의 권리 원칙을 위반하는 것이라고 느꼈습니다.
미주리 타협은 또한 노예제 문제를 국가 정치의 최전선에 두게 되면서 북부와 남부 사이의 긴장을 고조시켰습니다. 결국 이 타협안은 노예 문제 해결에 실패했고, 결국 남북전쟁 발발의 원인이 됐다.