오늘날에도 많은 사람들은 합리적 사고가 그때까지 축적된 모든 과학 지식의 발전에 큰 영향을 미쳤다고 믿습니다. 관찰과 실험은 인간이 자연의 위대한 미지를 밝히는 데 도움이 되었습니다. 이런 의미에서 자연과학(생물학, 물리학, 화학)을 인간의 이익에 의해 촉진되는 모든 활동의 주요 수혜자로 보는 것이 관례입니다.
그러나 과학이 발전함에 따라 종교적 신념과 사상이 완전히 벗어나지는 않았습니다. 이 아이디어에 대한 명확한 증거는 신비한 학자 그룹인 연금술사에 주의를 집중할 때 볼 수 있습니다. 이들 "과학자"의 기록에 따르면, 화학 및 유기 물질 조작에 대한 관심은 영생의 비약에 대한 끊임없는 탐구와 금속을 금으로 변환하는 일과 관련되어 있습니다.
연금술은 14세기에서 16세기 사이에 전성기를 누렸으며, 고대 이집트에서 유래되었습니다. 알렉산드르 황제가 세운 지식의 중심지 알렉산드리아에는 키니아(kyniâ)라고 불리는 고대 이집트 기술에 대한 저술물들이 모여 있었습니다. 이 이집트 기술에는 금속 방부 처리 및 취급의 화학적 공정을 익히는 것이 포함되었습니다. 그리스 지혜를 접하면서 키미아는 모든 물질이 흙, 공기, 물, 불의 네 가지 기본 요소로 구성되어 있다는 점을 고려하게 되었습니다.
로마가 이집트를 지배하는 동안 연금술은 제국 당국에 의해 비난을 받게 되었습니다. 330년 콘스탄티누스 황제의 명령으로 기독교가 공식화되면서 연금술과 관련된 이단 집단이 로마 당국에 의해 박해를 받았습니다. 네스토리우스파로 알려진 이 연금술사들은 페르시아의 종교적 박해를 피해 피난처를 찾았습니다. 그 당시 많은 페르시아인들이 이러한 기술을 익히는 데 관심을 갖게 되었습니다.
이슬람 확장은 연금술 지식의 보존과 확장에도 매우 중요했습니다. 무슬림의 성서인 꾸란은 자연에 대한 지식이 알라에게 다가가는 훌륭한 방법이라고 예견했습니다. 따라서 많은 아랍인들은 화학 원소와 귀금속과 관련된 연구를 개발했습니다. 이런 종류의 지식이 이슬람 세계에서 발전한 반면, 중세 유럽은 이러한 연구에 대해 거의 알지 못했습니다.
십자군 운동과 함께 중세 후기에 연금술이 유럽인들과 접촉하게 되었습니다. 일부 연금술사들이 제안한 영생에 대한 그의 탐구는 당시의 종교적 사상과 충돌했습니다. 이런 종류의 담대함은 오직 하나님만이 영생의 선물을 주실 수 있다는 생각에 위배되는 것으로 여겨졌습니다. 따라서, 가능한 박해를 피하거나 자신의 지식을 공개하기 위해 연금술사는 자신이 개발한 과정과 실험을 유지하는 복잡한 기호를 사용했습니다.
연금술은 교회의 눈살을 찌푸리게 만드는 일이었지만, 일부 성직자들 사이에서는 흔한 활동이었습니다. 로저 베이컨(Roger Bacon)과 성 토마스 아퀴나스(Saint Thomas Aquinas)는 다른 물질을 통해 금을 얻고 기계 인간을 만드는 것을 보고하는 몇 가지 실험을 썼습니다. 16세기에 연금술은 새로운 이해를 얻기 시작했습니다. 영국의 철학자 프랜시스 베이컨(1561~1626)은 이미 연금술이 다른 유망한 유형의 과학 지식을 개발할 수 있다고 믿었습니다.
17세기에 로버트 보일(Robert Boyle)은 새로운 과학, 즉 화학의 탄생을 알리는 몇 가지 요점을 시작했습니다. 분명히 그의 생각은 연금술의 신비로운 측면에서 벗어나려고 노력한 것 같습니다. 그러나 보일 자신은 금속이 변환될 수 있다고 믿었습니다. 아이작 뉴턴(1643-1727)은 연금술에 관심이 있는 또 다른 위대한 과학자였습니다. "철학자의 돌"의 발견은 그의 연구 중 여러 가지를 차지했습니다.
17세기 전반에 걸쳐 과학 지식의 대중화는 연금술의 암호와 비밀에 맞서 공간을 확보했습니다. 더욱이 계몽주의 사상이 옹호하는 신앙과 이성의 분리는 연금술 지식을 단순한 발명으로 보이게 만들었습니다.
연금술은 영생과 물질적 안락을 추구하는 신앙을 갖고 있어도 과학 발전의 역사에서 벗어날 수 없었습니다. 화학 공정과 일부 원소 연구에 사용되는 많은 도구는 연금술사의 기업가 정신 덕분에 만들어졌습니다. 더욱이, 화학원소의 변형에 관한 주제는 20세기에 개발된 여러 연구에 의해 확인되었습니다.