또한 샤를마뉴는 자신의 제국을 아우스트라시아와 노이스트리아라는 두 개의 주요 지역으로 나누었습니다. 오스트라시아는 제국의 동쪽 부분이었고, 네스트리아는 서쪽 부분이었습니다. 각 지역은 자신의 지역 행정을 책임지는 왕이 통치했습니다. 샤를마뉴는 또한 국가 문제에 관해 그에게 조언을 제공하기 위해 왕실 의회 시스템을 구축했습니다. 이 의회는 제국의 주요 귀족, 주교, 수도원장으로 구성되었습니다.
샤를마뉴의 제국은 또한 여러 개의 교회 속주로 나누어졌고, 각 속주는 대주교의 통치를 받았습니다. 대주교는 해당 지역의 영적 복지를 책임지고 성직자들이 자신의 의무를 다하도록 보장하는 일을 담당했습니다. 샤를마뉴는 또한 샤를마뉴에게 영적인 지도를 제공하고 종교 문제에 관해 조언을 제공하기 위해 왕실 목사 제도를 설립했습니다.
샤를마뉴의 제국은 복잡하고 고도로 조직화된 정치적 실체였습니다. 그의 행정 시스템은 제국이 효율적으로 통치되고 사람들이 불의로부터 보호되도록 설계되었습니다.