어떤 경우에는 청교도와 아메리카 원주민이 평화롭게 살 수 있었고 심지어 서로 협력할 수도 있었습니다. 예를 들어, Wampanoag 부족은 순례자들이 미국에서 첫 겨울을 보낼 수 있도록 도왔고, 청교도와 Pequot 부족은 1638년에 수십 년 동안 지속된 평화 조약에 서명했습니다. 그러나 이러한 평화의 기간은 단명한 경우가 많았으며 청교도와 아메리카 원주민 간의 갈등은 끊임없는 위협이었습니다.
청교도와 아메리카 원주민 사이의 가장 중요한 갈등 중 하나는 1637년에 일어난 피쿼트 전쟁(Pequot War)이었습니다. 전쟁은 피쿼트 부족이 코네티컷에 있는 영국 정착민 그룹을 공격하면서 시작되었습니다. 청교도들은 군사 작전으로 대응하여 피쿼트(Pequot) 부족을 거의 전멸시켰습니다. 이 전쟁은 앞으로 수년 동안 계속될 폭력과 갈등의 패턴을 설정했습니다.
17세기에 청교도들은 아메리카 원주민을 기독교로 개종시키려는 노력의 일환으로 수많은 선교 단체를 설립했습니다. 이러한 임무는 종종 성공하지 못했고 때로는 갈등과 폭력으로 이어졌습니다. 18세기에 청교도들은 아메리카 원주민에 대해 좀 더 화해적인 접근 방식을 채택하기 시작했으며, 원주민의 토지 및 자치권에 대한 권리를 인정하기 시작했습니다. 그러나 이러한 정책 변화는 쉽게 이루어지지 않았으며 아메리카 원주민에 대해 여전히 뿌리 깊은 편견을 갖고 있는 많은 청교도들의 저항을 자주 받았습니다.
청교도와 아메리카 원주민의 관계는 복잡하고 발전하는 관계였습니다. 갈등과 폭력으로 얼룩진 관계이기도 했지만, 협력과 상호 존중이 특징인 관계이기도 했습니다. 청교도와 아메리카 원주민은 서로에게서 많은 것을 배웠으며 둘 다 미국 역사에 지속적인 유산을 남겼습니다.
