주술은 또한 기독교 교회의 가르침에 반대되는 교리를 믿는 이단과도 관련이 있었습니다. 이는 주술과 관련된 많은 신앙과 관습이 기독교 가르침과 충돌하는 것으로 여겨졌기 때문입니다. 예를 들어, 마녀는 흔히 마귀를 숭배한다고 믿었는데, 이는 우상 숭배의 한 형태로 여겨졌습니다.
마법에 대한 믿음은 1500년대와 1600년대에 널리 퍼졌으며, 이로 인해 많은 무고한 사람들이 박해를 받았습니다. 어떤 경우에는 사람들이 단순히 다른 사람들과 다르다는 이유로 주술 혐의로 기소되기도 했습니다. 예를 들어, 치료사나 약초사인 여성은 마녀라는 비난을 받는 경우가 많았고, 가난하거나 소외된 사람들도 마찬가지였습니다.
마녀에 대한 박해는 1600년대 후반 유럽에서 여러 차례의 대규모 마녀 재판이 열렸을 때 최고조에 달했습니다. 이 재판으로 인해 수천 명이 처형되었는데, 이들 중 대부분은 여성이었습니다. 1692~93년에 매사추세츠에서 열린 세일럼 마녀 재판은 이러한 재판의 가장 유명한 사례 중 하나였습니다.
18세기에 자연 현상에 대한 보다 과학적인 설명이 등장하면서 주술에 대한 믿음은 점차 쇠퇴했습니다. 그러나 마녀에 대한 박해는 20세기까지 세계 일부 지역에서 계속되었습니다.