많은 아메리카 원주민 부족은 미국 정부에 막대한 양의 토지를 양도하는 조약에 서명해야 했습니다. 이러한 조약은 불공평한 경우가 많았으며 아메리카 원주민은 자신의 땅에 대해 적절한 보상을 받지 못하는 경우가 많았습니다. 게다가 많은 아메리카 원주민들은 새로운 보호구역으로 강제로 이주해야 했는데, 그 보호구역은 흔히 외지고 바람직하지 않은 지역에 위치해 있었습니다.
전쟁과 그에 따른 토지 및 자원 손실은 아메리카 원주민 공동체에 엄청난 영향을 미쳤습니다. 많은 아메리카 원주민이 질병, 기아, 폭력으로 사망했습니다. 전쟁은 또한 전통적인 생활 방식을 파괴했으며 많은 아메리카 원주민 문화가 거의 파괴되었습니다.
남북전쟁 이후에도 미국 정부는 아메리카 원주민을 계속해서 가혹하게 대했습니다. 정부는 아메리카 원주민이 그들의 전통 문화를 버리고 백인 미국인의 방식을 채택하도록 강요하는 것을 목표로 동화 정책을 수립했습니다. 이 정책은 무력과 강압을 통해 시행되는 경우가 많았으며 아메리카 원주민 공동체에 더 큰 피해를 입혔습니다.
남북전쟁과 그 여파는 아메리카 원주민들에게 큰 고통의 시간이었습니다. 토지 손실, 강제 이주, 전통 문화 파괴, 미국 정부의 가혹한 처우 모두 아메리카 원주민 인구와 문화의 쇠퇴에 기여했습니다.