1823년 내전이 시작되자 Ioannis Makrygiannis는 처음에 Kolokotronis 세력 편에 섰습니다. 그러나 Gennaios Kolokotronis와 갈등을 겪게 된 그는 자신을 반대자들의 명령에 복종시켜 1824년 3월 정부 관리들이 점령한 트리폴리차에서 Kolokotronis의 몫에 맞서 싸웠습니다.
Makrygiannis는 정부 관리들에 의해 중장으로 임명되었습니다. 그러나 그 사이 전쟁 상황이 급박해지기 시작했다. 승리한 Kountouriotis의 정부 관리들이 그들의 승리를 축하하고 있는 동안 나쁜 소식이 전해졌습니다. 터키인들은 프사라(Psara)를 파괴했습니다. 더 나쁜 사건도 곧 뒤따를 것입니다. 그러나 Makrygiannis는 터키의 상륙 가능성으로부터 섬을 보호하기 위해 정부에 의해 Hydra로 파견되었습니다. 그러나 그는 곧 아르고스로 소환되었고 Papaflessa와 함께 Kolokotronians에 대항하는 새로운 캠페인을 시작했습니다.
주지사는 아카디아와 메시니아 지역을 패배시키고 약탈했습니다. Makrygiannis는 회고록에서 약탈을 자행한 무질서한 부하들에게 자신의 권위를 강요할 수 없었다고 주장합니다. Tripolitsa의 Kalyvia에서 Makrygianni의 부하들은 Moria 장로의 아들인 Panos Kolokotronis를 죽였습니다.
내전 전반에 걸쳐 Makrygiannis는 Kountouriotis 정부가 Peloponnesians와 싸우기 위해 Roumeliotian 군대에 아낌없이 지불했다고 보고합니다. 이 돈은 악명 높은 영국 대출에서 나왔으며 조국의 자유를 위해 사용되는 대신 정치 문제를 다루는 데 사용되었습니다. 정권 반대자들.
1824년 11월 마크리지아니스는 정부 특사로서 아테네로 파견되어 고우라와 다른 족장들에게 펠로폰네소스 반도에 와서 싸우도록 설득했습니다. Makrygiannis는 Nafplion의 수비대 사령관으로 임명되었으며이 자격으로 Corinth 지역에서 군대와의 전투에 참여했습니다. 정부 관리들이 승리했고 Gouras는 엄청난 약탈을 진행했습니다. 동시에 Karaiskakis 휘하의 다른 정부군이 Aegion 지역을 약탈했습니다. 마크리지아니스는 내전으로 인한 피해를 이해하기 시작했고 "하나님, 우리에게 지식과 미덕을 주셔서 우리가 너무 일찍 멸망하지 않고 우리 자신을 구원할 수 있게 해주세요!"라고 외쳤습니다.
그 자신이 쓴 것처럼 약 350명의 부하들이 약탈하는 것을 금지했습니다. 그러나 Gouras가 그의 백성에게 행한 일을 본 그들은 Makrygiannis에게 복종하는 것을 중단하고 동일한 전술을 따랐습니다. 그들이 떠난 마을마다 집의 담장만 남았습니다 ! Makrygiannis는 도둑질과 약탈을 하던 네 명의 군인을 엄중하게 처벌해야 했습니다. 그러나 이 형벌은 물거품이었다.
내란으로 촉발된 파괴와 증오는 혁명의 결과에 거의 재앙적인 영향을 미쳤습니다. 불행히도 우리 그리스인들은 실수로부터 교훈을 얻지 못합니다. 상황에 완전히 혐오감을 느낀 Makrygiannis는 Nafplion으로 돌아 왔습니다. 그곳에서 Makrygiannis는 행정부에 모습을 드러냈고 내전에 더 이상 개입하지 않았다는 사실을 부인했습니다.
"나는 정부에 내가 내전 중이고 법을 어겼으며 속지 않았다고 말했습니다. 나는 루멜리로 가서 투르크인들을 위해 싸우라는 명령을 내려달라고 요청했습니다. 내 몸을 해체하거나 다른 사람을 보내도록 요청했습니다. 단순한 시민으로 앉아 있지만 내전 명령은 듣지 않습니다."라고 그는 말합니다.
그럼에도 불구하고 그는 아카디아로 가라는 명령을 받았습니다. 그러는 동안 이브라힘은 펠로폰네소스 반도에 상륙했습니다. 쿠운투리오티스 휘하의 그리스군은 크렘미디 전투에서 이브라힘에게 완패했다. 그런 다음 이집트 군벌은 나바리노 요새를 포위했습니다. Makrygiannis는 이 기간 동안 Arcadia에 있었습니다. 그는 무슨 일이 일어나고 있는지 알게 되자 부하들과 함께 가서 싸우려고 했습니다. 그러나 그 지역의 정부 수뇌들은 그들의 안전이 두려워 그를 놓아주지 않았습니다. 그러나 그의 부하들도 그다지 열정을 보이지 않았습니다. "그들 중 절반은 나를 찬성했고, 가자, 그들 중 절반은 돌아섰고, 정부는 우리를 아랍인을 위해 임명한 것이 아니라 아카디아를 위해 임명했다고 말했습니다."
마지막으로 Makrygiannis는 그의 부하들과 함께 Navarino로 가서 Neokastro 성을 보유한 Ibrahim과 며칠 동안 싸웠습니다. 그는 조약에 의해 그것을 항복하고 그를 살아남은 사람들과 함께 영국 배를 타고 Kalamata로갔습니다. Kalamata 근처에서 그는 Maniaki에서 자신의 운명을 맞이하러 가는 길에 마지막으로 Papaflessa를 만났습니다. 그는 Makrigiannis에게 자신을 따르라고 말했습니다. 그러나 그의 부하들은 비무장 상태였고 많은 사람들이 부상을 입었기 때문에 후자는 거절했습니다.
Makrygiannis는 부하들과 함께 트리폴리차에 도착했습니다. 그러나 그곳에서 그는 네오카스트로에 강제로 남겨둔 귀중한 무기에 대한 임금과 보상을 요구하는 부하들의 반란에 직면해야 했습니다. . Makrygiannis는 자신의 비용으로 비용을 지불했습니다. 그 후 그는 나플리오(Nafplio)로 갔지만, 정부는 다가오는 이브라힘의 방진군에 맞서 도시를 방어하기 위해 그에게 트리폴리사로 돌아가라고 명령했다. 그러나 그는 트리폴리차로 가는 길에 그 도시가 이미 정복되었다는 사실을 알게 되었습니다.
