그러나 샤를마뉴와 교황권의 관계가 항상 순조로운 것은 아니었습니다. 그는 교황 선거에 자주 개입했고 때로는 신학 문제에 관해 교황과 의견이 일치하지 않았습니다. 800년에 그는 교황 레오 3세에 의해 신성로마제국 황제로 즉위했고, 이로 인해 교황권과의 유대가 더욱 강화되었습니다. 그러나 이는 또한 샤를마뉴와 자신을 로마 제국의 진정한 상속자로 여기는 비잔틴 제국 사이에 긴장을 불러일으켰습니다.
전반적으로 샤를마뉴와 교황권의 관계는 상호 존중과 협력의 관계였지만 가끔 갈등과 긴장도 있었습니다.