그러나 엔코미엔다 시스템은 종종 남용되었습니다. 많은 엔코멘데로는 원주민을 노예로 취급하여 위험한 환경에서 오랜 시간 일하도록 강요하고 임금을 거의 또는 전혀 지급하지 않았습니다. 원주민들은 종종 신체적, 성적 학대를 당하기도 했습니다. 결과적으로, 엔코미엔다 시스템은 아메리카 원주민에게 파괴적인 영향을 미쳤습니다.
엔코미엔다 제도는 결국 18세기에 폐지되었지만, 그 유산인 폭력과 착취는 오늘날에도 아메리카 원주민에게 계속 영향을 미치고 있습니다.